Page 86 - MONOGRAFIA 25, de Esclerosis multiple

FACTORES AMBIENTALES
DE LA ESCLEROSIS MÚLTIPLE
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la muestra (qué microbiota estamos estudiando), la obtención de la misma (condiciones de obtención, tiempos, etc.) y sesgos técnicos debidos principalmente a la elección del método de extracción de ADN. Habitualmente, se emplea una combinación de métodos físicos y enzimáticos para la rotura de las paredes celulares de todos los microorganismos presentes en la muestra. Cabe recordar que se distinguen 2 grupos de procariotas en función de la composición de su membrana celular, Gram positivas y Gram negativas, distintas tanto en grosor como en composición, lo que supone el primero de los retos para alcanzar una rotura homogénea de ambos (y, por tanto, liberación del ADN).
Entre sus ventajas están la rapidez y la sencillez de la técnica, además de su gran sensibilidad y su capacidad para detectar microorganismos no cultivables. Entre las des- ventajas se puede destacar la complejidad del análisis de los resultados, que suponen un reto bioinformático. No obstante, en los últimos años las principales empresas dedicadas a la tecnología NGS han comercializado kits que permiten el estudio del 16S y su aná- lisis, simplificando en gran parte este reto, al menos para un estudio descriptivo de las especies. Este tipo de aproximaciones permiten una rápida identificación de la estructura poblacional de la microbiota, pero omiten la viabilidad de los microorganismos encon- trados y son dependientes de los sesgos de la propia técnica de NGS (en la amplificación o en la cobertura) y de la sensibilidad de la misma, que obliga a una metodología estricta, con una cobertura adecuada, que nos ofrezca seguridad en los datos obtenidos. En los últimos años se está mejorando el análisis de los datos y la información de las bases, per- mitiendo afinar más la clasificación taxonómica(14).
1.5.2.2. Otras aproximaciones ómicas
A medida que el interés por el estudio de la microbiota se va expandiendo, se incrementa el número de técnicas que se van utilizando para su caracterización. Además de la men- cionada secuenciación del 16S, se empieza a trabajar con la tecnología shotgun (secuen- ciación de fragmentos del ADN total de manera aleatoria), que permite identificar otras características de los microorganismos referidas a su función; el estudio del RNAseq para el estudio de la metatranscriptómica; cambios en los productos generados por la micro- biota, estudiando el metametaboloma; o incluso el metaproteoma(14). En la línea de ca- racterización se están usando también técnicas de imagen (resonancia magnética –RM– y RM funcional –fRM–) para caracterizar la estructura espacial del microbioma(15).
La implementación de la información de todas estas técnicas requiere de una aproxi- mación de biología de sistemas integrando los diferentes niveles de información obteni- dos en cada estudio que nos permita, en un futuro cercano, obtener no solo una imagen clara de la estructura de la microbiota sino de su interacción con el resto del organismo.
1.6. EFECTOS DEL AMBIENTE
Como ya hemos comentado, los primeros años de vida son determinantes en la for- mación de la microbiota intestinal, siendo los factores que determinan su composición muy variados. La genética condiciona la composición de la microbiota, que además es modulada de forma importante por las condiciones ambientales. Entre los factores de- terminantes en el proceso de adquisición de la microbiota destaca la alimentación. De hecho, los principales cambios observados en la niñez coinciden con cambios en la