Page 85 - MONOGRAFIA 25, de Esclerosis multiple

MICROBIOTA Y ESCLEROSIS MÚLTIPLE
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basados fundamentalmente en el estudio del gen 16S bacteriano (técnicas independientes de cultivo). Tanto unas como otras ofrecen una serie de ventajas e inconvenientes, además de presentar sesgos que es importante conocer para seleccionar en cada caso la técnica más adecuada. Probablemente, la combinación de ambas estrategias ofrezca la representación más cercana a la realidad de sistemas microbianos complejos como la microbiota.
1.5.1. Cultivo
Las técnicas de microbiología clásica para el estudio de poblaciones microbianas com- plejas se basan en el cultivo de microorganismos en medios selectivos y diferenciales, así como el empleo de distintas condiciones de crecimiento (temperatura, pH, atmósfera, etc.). Entre las ventajas del cultivo están el estudio exclusivo de microorganismos viables y la posibilidad del estudio detallado de los microorganismos aislados; y, por tanto, un estudio más comprensivo de la microbiota. Las principales desventajas de las técnicas de- pendientes de cultivo son que se pierde una parte importante de la diversidad microbiana (aquella correspondiente a los microorganismos no cultivables), son más complicadas y requieren mayor tiempo de estudio.
El principal de los sesgos es que la mayoría de los microorganismos de la microbiota son anaerobios estrictos, lo que complica su manejo y estudio. Además, muchos de ellos son “no cultivables” o al menos hoy en día desconocemos los medios necesarios para ha- cerlos proliferar en el laboratorio. La selección de los medios de cultivo también produce en sesgo en los resultados.
El cultivo, tras ser desplazado en las últimas décadas por las técnicas moleculares, está resurgiendo. Actualmente, se están ensayando nuevas estrategias para el crecimiento de microorganismos minoritarios o difíciles de crecer, que han permitido el desarrollo de una nueva disciplina conocida como “culturómica”. La culturómica pretende detectar por técnicas dependientes de cultivo una diversidad microbiana similar a la obtenida por técnicas moleculares.
1.5.2. Métodos moleculares
Las técnicas independientes de cultivo son actualmente líderes en el estudio de ecosis- temas microbianos complejos. Este tipo de técnicas “ómicas” se centran en el estudio masivo de la composición de la microbiota o en el estudio de su metaboloma, o incluso de su transcriptoma. La técnica más utilizada es la aplicación de técnicas de next genera- tion sequencing (NGS) para realizar un estudio de asociación del microbioma (MWAS, por sus siglas en inglés).
1.5.2.1. Secuenciación del 16S rRNA
El RNA ribosomal 16S es un componente de la subunidad 30S del ribosoma de proca- riotas (bacterias y arqueas) y el gen que lo codifica (16S rRNA) constituye el principal marcador filogenético de procariotas, ya que es un gen muy conservado en la evolución de estos microorganismos. Partiendo de su ubicuidad en las células procariotas y de la variabilidad de determinadas zonas de su secuencia génica, se ha generado un amplio catálogo de bases de datos públicas que permiten identificar en función de la secuencia las especies de la microbiota a estudio (este tipo de análisis se ha denominado en muchos trabajos como metagenómica). El paso crítico de este tipo de técnicas es la selección de
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